SMK Muhammadiyah 1 Sleman mempunyai tiga kosenterasi keahlian dari dua program keahlian unggulan, yang pertama adalah Program Keahlian Teknik Otomotif yang terdapat kosentrasi keahlian Teknik Kendaraan Ringan (TKR) dan Teknik Sepeda Motor (TSM). Program Keahlian ke dua adalah Broadcasting dan Perfilman yang terdapat kosentrasi keahlian Produksi dan Siaran Program Televisi (PSPT)
Kosentrasi Keahlian TKR mempelajari tentang servis mobil, kelistrikan mobil, body mobil, dan semua hal terkait dengan otomotif. Kosentrasi Keahlian PSPT mempelajari tentang fotografi dan videografi, meliputi penulisan naskah, tata artistik, tata kamera, tata cahaya, editing foto dan editing video. Kosentrasi TSM mempelajari tentang servis sepeda motor, kelistrikan sepeda motor, body sepeda motor, bisnis dan menejemen penjualan sepeda motor, dan semua hal yang terkait dengan sepeda motor. Semua Program Keahlian yang ada di SMK Muhammadiyah 1 Sleman semua TERAKREDITASI A dengan Nomor: 974/BAN-SM/SK/2019. SMK Muhammadiyah 1 Sleman juga ditunjuk sebagai Sekolah Rujukan berbasis Industri 4.0 menggunakan 3D Printing sebagai media pembelajaran untuk siswa.